シーズン2から3年後のある1日が物語の舞台。生物兵器として改良された強力な病原菌に感染した死体が、ロサンゼルスにある国立衛生局の前に捨てられた。ジャックの娘・キムはCTUのスタッフとして勤務しており、同僚とともに、病原菌の出所の調査を始める。CTUでは、ある1人の青年が麻薬(ヘロインかコカイン)の運び屋として今にも動き出そうとしていることを知るが、この物質は麻薬ではなく、生物兵器の病原菌なのではないか、と疑いを掛ける。またジャックは、この生物兵器の散布を防ぐため、別ルートで犯人を特定しようとしていた。折りしもその頃、デイビッド・パーマー大統領は任期満了に伴う大統領選挙戦を控え、共和党のジョン・キーラー候補との演説会を迎えようとしていた。