Nella seconda stagione dopo aver testimoniato che nessuna delle spore aliene è tornata sulla Terra e dopo aver mentito per il bene del Paese Molly scopre che la programmazione di Ethan è ancora intatta. Ma presto l'intelligenza artificiale viene rimossa a forza dalla Homeland Security e suo marito viene ucciso. Sei mesi dopo Molly è impegnata in un trattamento psichiatrico per superare il lutto.