Inizia il tirocinio in chirurgia e JD diventa l'assistente di Turk, ma non riesce ad ambientarsi e viene preso di mira dagli altri chirurghi. Paul, in seguito ad un equivoco, crede che Elliot gli abbia detto "ti amo", così il rapporto subisce una rapida accelerazione da parte dell'infermiere che porta Elliot a distaccarsi. Intanto JD, stufo degli scherzi subiti dai chirurghi, inizia a svelare imbarazzanti segreti su Turk rendendolo lo zimbello del gruppo. Intanto Kelso è impegnato in un convegno e Cox decide di fargli uno scherzo, facendolo credere morto, ma lo scherzo gli sfugge di mano, arrivando addirittura a svuotare il suo ufficio in un attimo. Elliot e Paul discutono della loro relazione fino a quando lei non lo scarica.