"Компанията“ продължава с плана си да намери и елиминира Линкълн Бъроуз и всеки, изпречил се на пътя им. Всеки от избягалите поема по свой път, но крайна цел на всички е едно ранчо в Юта, където очакват да намерят много пари и да улеснят бягството си. Междувременно Махоун започва да убива бегълците един по един. Майкъл и Линкълн продължават да бягат заедно със съкилийника на Скофийлд - Сукре, който отива в Мексико да вземе своята любима: Марикруз. Постепенно братята откриват все повече доказателства, че Линкълн е невинен. Агент Келърман помага, като се опитва да постигне своята собствена цел. Накрая Пол Келерман си признава и доказва невинността на Бъроуз, но бива убит на път към затвора. По непредвидени обстоятелства Майкъл Скофийлд отново попада в затвора.