Scofield został odizolowany i uwięziony w domu przez Firmę. Firma próbuje zwerbować Michaela różnymi metodami. Uświadamiają mu, że jego matka, Christina Rose Scofield wciąż żyje i pracuje dla nich. Tymczasem Lincoln i jego ekipa szukają biznesmena, który ukradł Scyllę.