'The Ship of the Imagination' begeeft zich op een epische reis naar de bodem van een dauwdruppel om het universum op de kleinste schaal te verkennen en exotische levensvormen te observeren die onzichtbaar zijn voor het blote oog. Vervolgens legt gastheer Neil deGrasse Tyson het neurale netwerk in onze hersenen uit dat ons reukvermogen en geheugen bepaalt, en later reist hij diep onder het aardoppervlak om het meest mysterieuze deeltje te ontdekken dat we kennen.