In een wereld die vergelijkbaar is met de onze, zijn er naast normale mensen ongeveer 5% mensen met speciale vaardigheden, genaamd “Espers”. Op enkele uitzonderingen na staan normale mensen vijandig tegenover espers. Een onconventionele criminele organisatie genaamd P.A.N.D.R.A. heeft zichzelf tot doel gesteld de espers te beschermen en de wereld van al het kwaad te verlossen. Op hun basis, een cruiseschip, vangen en beschermen ze kinderen en andere mensen met speciale vaardigheden. Op hun missie redden ze een mysterieuze esper genaamd Andy Hinomiya, die zich na zijn redding bij de groep voegt.