Het tweede seizoen begint drie maanden nadat Bea Smith Jacs Holt heeft vermoord. Terwijl Bea het moeilijk had in de slotfase, steeg Franky Doyle zonder tegenstand naar de positie van tophond. De introductie van een nieuwe gouverneur, Joan Ferguson, staat echter op het punt alles op zijn kop te zetten. Tegen het einde van het seizoen pleegt Bea Smith haar derde moord.