異星人ククトニアンが、植民星クレアドを襲ってきた。少年ロディは、弟フレッドとその同級生ペンチとともに、脱出用シャトルへ乗り込む。だが攻撃は激しく、ロディたちは両親とも離ればなれになり、わずかな大人たちと少年少女のみで、練習艦ジェイナスを出航させることになる。ようやく第2惑星ベルウィックを訪れたものの、生き残った仲間は13人の子どもたちと唯一の大人、ケイトだけとなってしまう。 彼らは地球を目指して、ふたたびジェイナスを出航させる。その旅の途上、ひとりの漂流者がジェイナスに救助された。男の口から語られた言葉は、衝撃的なものばかりだった。子どもたちのひとり、カチュアが異星人ククトニアンであったこと。そして、クレアドやベルウィックを脱出した地球人のほとんどが捕らえられ、タウト星へ連れて行かれたこと。しかも、自分が異星人であるという衝撃の事実に絶えられず、ひとり宇宙へ飛び出したカチュアを救おうとして、ケイトが行方不明になってしまった。 こうして、ジェイナスのクルーはついに13人の子供たちだけになってしまった。彼らは両親たちを救うべく、最年長のスコットをキャプテンとして、タウト星を目指す。苦しい旅路の中、ロディはラウンド・バーニアン“バイファム”の操縦法をマスターし、パイロットとして敵と戦った。