Prime Evil souhaite retrouver une boîte de décodage qui a été accidentellement lâchée dans l'océan depuis l'espace. Avec la boîte de décodage en sa possession, il croit qu'il pourrait l'utiliser pour apprendre tous les secrets que les gouvernements du monde possèdent. Lorsqu'on apprend qu'un nouveau sous-marin a été construit, Prime Evil envoie le capitaine Long John Scarechrome pour le voler.